Cốt truyện có nhiều khác biệt giữa tiểu thuyết, truyện tranh, phim điện ảnh và phim truyền hình, tuy nhiên mạch truyện chính không thay đổi nhiều.

Lời dẫn

"Đây là gì?"

"Vận mệnh của ngài."

"Kim lân khởi thị trì trung vật, nhất ngộ phong vân tiện hóa long". Câu này là vận mệnh mà ông xem cho ta sao?

"Đúng vậy."

"Lời này giải thích thế nào?"

"Cá vàng là vật trong hồ, gặp được phong vân ắt hóa rồng. Ý nói chỉ cần ngài gặp được Phong Vân, khắc có thể hóa thành rồng chín tầng trời, cả thiên hạ sẽ nằm dưới chân ngài!"

"Vậy có thể gặp Phong Vân ở đâu?"

"Không biết."

"Đến ông cũng không biết?"

"Phong vô hình vô tướng, không ngừng không nghỉ. Vân tư tán vô thường, lúc hợp lúc tan! Cho dù thông suốt huyền cơ, cũng không rõ ngày nào gặp phong vân!"

"Bất luận thế nào, chí nguyện vĩ đại cả đời ta cuối cùng cũng được như ý, cũng không thấy nuối tiếc!"

"Không phải cả đời, mà là nửa đời."

"Nửa đời?"

"Đây chỉ là vận mệnh nửa đời trước của ngài!"

"Thế còn nửa đời sau?"

"Thời cơ chưa đến, không cách nào biết được."

"Khi nào thời cơ đến?"

"Vì sao tất cả thế nhân đều muốn biết trước thiên ý? mặc dù biết thiên ý khó dò, không biết so với biết há chẳng hạnh phúc hơn sao!"

"Ta không hiểu rõ."

"Hiểu rõ cũng vô dụng, tất cả hãy để tùy duyên!"

Phần một: Hùng Bá Thiên Hạ

Ni Bồ Tát để lại lời đoán định về 2 người Phong và Vân. Hùng Bá bán tín bán nghi tìm khắp thiên hạ.

Nhiều năm về trước Hùng Bá sai thủ hạ là Liệt Diện song sứ tiêu diệt Hoắc gia trang đứng đầu là Hoắc Bộ Thiên vì không chịu quy phục Thiên Hạ Hội. Cả nhà họ Hoắc chết thảm, duy có đứa con nuôi là Hoắc Kinh Giác được một cao thủ Vô Danh cứu thoát chết. Vì muốn học võ công báo thù, Kinh Giác xin làm đệ tử Vô Danh. Ông thấy oán khí từ người Kinh Giác quá mạnh, nên không thu nhận. Kinh Giác quyết định đến hang ổ kẻ thù - Thiên Hạ Hội - để học võ công của Hùng Bá, hi vọng một ngày có thể giết Hùng Bá bằng chính võ công của hắn là Bài Vân chưởng. Nhìn lên mây bay trên trời, Kinh Giác lấy tên mới của mình là Bộ Kinh Vân. Để rồi nhiều năm sau cậu ta trở thành "Bất Khốc tử thần", danh chấn võ lâm.

Dòng họ Nhiếp nổi nổi danh với đao pháp "Ngạo Hàn Lục Quyết" và thanh Tuyết Ẩm Đao, truyền đến đời "Bắc Ẩm Cuồng Đao" Nhiếp Nhân Vương. Nhưng Nhân Vương tuy thành danh mà không màng thế sự, cùng vợ con quy ẩn nơi thôn dã. Vợ Nhân Vương là đệ nhất mỹ nhân Nhan Doanh cho rằng chồng mình không có chí tiến thủ, nên bỏ đi theo người khác. Nhân Vương vì thế trở nên điên cuồng gàn dở, tuy nhiên con ông là Nhiếp Phong lại thông tuệ và gan dạ hơn người. Hai cha con cứ thế sống qua ngày.

Năm đó Nhiếp Phong theo cha đến Lạc Sơn Đại Phật ở Nga Mi sơn để xem cha tỷ võ với "Nam Lân Kiếm Thủ" Đoạn Soái. Bọn người Thiên Hạ Hội, dẫn đầu là Bộ Kinh Vân lại thừa hư đến cướp hai tuyệt thế thần binh là Tuyết Ẩm Đao và Hỏa Lân Kiếm. Không ngờ cùng lúc đó, Hỏa Kỳ Lân là con thần thú vốn ẩn thân lâu năm trong động Lăng Vân bỗng xuất hiện, chấn nhiếp quần anh, còn bắt Đoạn Soái và Nhiếp Nhân Vương đi. Hai thanh thần binh đều mất tích trong lúc hỗn loạn.

Bộ Kinh Vân sau đó mang theo Nhiếp Phong về Thiên Hạ Hội. Hùng Bá ngay lập tức nhận Nhiếp Phong làm tam đệ tử.

Sau nhiều năm, ba huynh đệ Phong, Vân, Sương được Bang chủ Hùng Bá - tín nhiệm giao cho nhiều trách nhiệm quan trọng. Hùng Bá còn truyền cho họ ba môn võ công tuyệt thế của mình (gọi là võ lâm tam tuyệt: Thiên Sương quyền, Bài Vân chưởng và Phong Thần Cước).

Đại đệ tử Tần Sương: được truyền thụ "Thiên Sương Quyền", là người cơ trí, trung thành.

Nhị đệ tử Bộ Kinh Vân: được truyền thụ "Bài Vân Chưởng", võ công cao nhất trong ba người.

Tam đệ tử Nhiếp Phong: được truyền thụ "Phong Thần Cước", danh xưng "Phong Trung Chi Thần", đệ nhất khinh công.

Sau khi Hùng Bá diệt được đại địch là Độc Cô Nhất Phương, đạt được tâm nguyện bá chủ võ lâm, nhưng lão tò mò muốn biết hậu vận của mình nên sai đệ tử đi khắp nơi tìm Ni Bồ Tát.

Ni Bồ Tát trốn tránh không được phải cho Hùng Bá kết quả của nửa đời sau:

"Cửu tiêu long ngâm kinh thiên biến, Phong Vân tế hội tiệm thủy du"

(Rồng tại 9 tầng nhìn trời đổi, Phong vân tề tụ hết vẫy vùng)

đại ý là thành tại Phong Vân, mà bại cũng tại Phong Vân vậy.

Hùng Bá quyết tâm sửa đổi số phận bằng cách "tận diệt Phong Vân hùng bá thiên hạ".

Nhằm chia rẽ ba đại đệ tử của mình, Hùng Bá đã cài Khổng Từ - một a hoàn bất đắc dĩ - vào hầu hạ Bộ Kinh Vân. Vân đem lòng yêu Khổng Từ, Hùng bá lại đem gả Khổng Từ cho Tần Sương, nhưng người Khổng Từ thực sự yêu là Nhiếp Phong. Giữa ba huynh đệ nảy sinh bất hòa và hiểu lầm, trong cơn tức giận giữa Bộ Kinh Vân và Nhiếp Phong xảy ra cuộc đại chiến kinh thiên động địa. Do lao vào cứu Nhiếp Phong nên Khổng Từ bị một chưởng Vân Lai Tiên Cảnh của Bộ Kinh Vân đánh chết. Vân rất lấy làm đau buồn... Sau khi nhận ra chân tướng sự việc, ba huynh đệ rời Thiên Hạ Hội. Trước khi đi, Bộ Kinh Vân liều đấu với Hùng Bá nhưng bị chặt mất một cánh tay và bị đám Thiên Trì Sát Thủ ẩn náu trong Thiên Hạ đệ nhất lâu truy sát.

Hùng Bá sai người truy sát ba đệ tử nhưng không thành công.

Về sau Bộ Kinh Vân có duyên gặp được Kỳ Lân Tý và có được thanh Tuyệt Thế Hảo Kiếm của Bái Kiếm Sơn Trang đứng đầu Tứ đại hung khí. Nhiếp Phong tìm lại được đao phổ "Ngạo Hàn Lục Quyết" và thanh Tuyết Ẩm Đao. Hai người võ công đột tiến, liên thủ dùng chiêu Ma kha vô lượng đánh bại được Hùng Bá. Hùng Bá chạy trốn bị đám Thiên Trì làm phản khi đang dưỡng thương ở Trung Hoa Các. Sau được Vô Danh giải cứu rồi cảm hóa, Hùng Bá tự phế hết võ công cùng con gái quy ẩn giang hồ.

Các phần khác

Truyện còn có nhiều mạch truyện quá khứ đan xen, nói về quá khứ của Đế Thích Thiên, Thần thoại võ lâm Vô Danh, lão Kiếm Thánh, Bộ Kinh Vân, các huyền thoại võ lâm Trung Nguyên và Đông Doanh, nhiều truyền thuyết có liên quan (thuyết Tứ Linh, Hoàng Đế và Long mạch...). Tuy các phần khác của truyện phát triển những mạch truyện quá khứ nhưng lại diễn ra sau phần Hùng Bá Thiên Hạ, và vẫn xoay quanh hai nhân vật chính là Phong Vân (Nhiếp Phong và Bộ Kinh Vân).

Trong tiểu thuyết các mạch truyện diễn ra song song chứ không chia thành phần, phần tục truyện vẫn đang bỏ dở chưa được viết tiếp.

Kết phần một

Trong hầu hết các phiên bản đều có một phần trong đó Tuyệt Vô Thần là một lãnh chúa Đông Doanh sang Trung Thổ nhằm xâm chiếm cõi Thần Châu. Tuyệt Vô Thần mang theo rất nhiều cao thủ trong đó có sư huynh của Vô Danh là Phá Quân. Ban đầu Phong Vân và Vô Danh đều bại dưới Sát quyền của Tuyệt Vô Thần. Đệ tử của Vô Danh là Kiếm Thần còn bị Phá Quân ép làm phản. Nhiếp Phong tình nguyện nhập ma học Ma Đao của Đệ Nhất Tà Hoàng. Trong ngày Tuyệt Vô Thần chuẩn bị được hoàng đế giả do Tuyệt Tâm con trai lão cải trang nhường ngôi nhằm thực hiện mưu đồ bá chủ. Vô Danh, Bộ Kinh Vân và Nhiếp Phong xuất hiện đánh lão phải trốn chạy về Vô Thần Tuyệt Cung. Tiếp đó, đám cao thủ Trung Nguyên tìm sang Đông Doanh để giải cứu Hoàng đế. Tuyệt Vô Thần mượn tay sư huynh Quyền Đạo Thần giết đám người Vô Danh nhưng Quyền Đạo Thần bị Phong Vân đánh bại, còn Tuyệt Vô Thần bị con trai Tuyệt Tâm giết chết do sự sắp đặt của Thiên Hoàng. Tận dụng thời cơ, Thiên Hoàng đã sai người cài thuốc nổ quanh đảo cho nổ tung giết hết tất cả với ý định tiến vào Thần Châu. Ai ngờ Vô Danh cùng Phong Vân chưa chết, lần nữa ngăn chặn lão và lão đã tự sát sau khi thua Bộ Kinh Vân.

Nhưng cũng trong thời gian này, Nhiếp Phong vì muốn mau chóng giết được Tuyệt Vô Thần nên đi theo một cao thủ là Đệ Nhất Tà Hoàng luyện Ma Đao. Đao pháp cực tà lại thêm dòng máu Kỳ Lân cuồng điên của họ Nhiếp, Nhiếp Phong đang luyện nửa chừng thì phá quan nên "Nhập Ma một nửa", chém giết không phân biệt được bạn thù. Bộ Kinh Vân vì muốn cứu Nhiếp Phong nên quyết một trận tử chiến với anh, cuối cùng lưỡng bại câu thương. Nhưng trước đó Bộ Kinh Vân đã phá được ma khí, cứu được Nhiếp Phong ra khỏi ma đạo. Bộ Kinh Vân rơi xuống vực mất tích, Nhiếp Phong cũng tuyệt tích giang hồ.

Cốt truyện không chỉ dùng ở đó, nó còn là mối tình của Nhiếp Phong - Đệ Nhị Mộng, mối tình tay ba Bộ Kinh Vân, Sở Sở, Kiếm Thần, mối huyết nhục của Nhan Doanh - vợ Tuyệt Vô Thần và cũng là mẹ Nhiếp Phong... những oán hận tình thù của các nhân vật trong quá khứ. Nêu bật hơn ở phần này là tư tưởng xả thân vì nghĩa mà dẫn đến huynh đệ tương tàn, mà đỉnh cao là cuộc tử chiến Nhiếp Phong - Bộ Kinh Vân. Phần này thường được xếp vào cùng với phần Hùng Bá Thiên Hạ và ta tạm gọi chung là phần 1.

Phần hai

Kết thúc phần một, Nhiếp Phong và Bộ Kinh Vân đều tuyệt tích giang hồ, người đời đồn đại cả hai đã chết. Tuy nhiên sau 12 năm, một tổ chức thần bí với tên gọi Thiên Môn (trong tiểu thuyết là Sưu Thần Cung) tìm ra tung tích của Bộ Kinh Vân lúc này bị mất trí đang sống cuộc đời ngư phủ. Nhiếp Phong ẩn cư bao nhiêu năm qua cũng vì tin này mà tái xuất. Thì ra âm mưu của Thiên Môn là mượn sức của bảy cao thủ là Phá Quân, Bộ Kinh Vân, Đoạn Lãng, Thần Tướng, Hoàng Ảnh, Hoài Không, Kiếm Thần và bảy thanh tuyệt thế thần binh của họ để "Đồ Long". Môn chủ Thiên Môn Đế Thích Thiên vốn trường sinh bất tử, có đạo hạnh hai ngàn năm nhưng hắn còn ham muốn sức mạnh của chân nguyên rồng (Long Nguyên) nên mới dày công bày ra kế hoạch này. Trong lúc hỗn loạn, Long Nguyên bị quần hùng tranh đoạt cuối cùng bị chia làm bảy phần rơi vào tay bảy đại cao thủ là Phong, Vân, Phá Quân, Hoài Không, Hoài Diệt, Hoàng Ảnh, Đế Thích Thiên.

Phong Vân, Vô Danh, Hoài Không phải đối đầu với một lực lượng vô cùng mạnh mẽ của Thiên Môn, lại bị cuốn vào vòng xoáy tranh đoạt Long Châu.

Truyện mở ra nhiều giải đáp về thuyết Tứ Linh (vốn trong phần một chỉ là truyền thuyết về Hỏa Kỳ Lân) cùng các tuyến nhân vật mới như Hoàng Ảnh, Thần Tướng, Đế Thích Thiên... đặc biệt là mạch truyện về Hoài Không của Thiết Môn cùng tuyệt thế thần binh Thiên Kiếp - Thiên Tội và thần công Luyện Thiết Thủ. Đến phần này nhân vật Đoạn Lãng (con trai Đoạn Soái) mới được khai thác triệt để, vốn trước đây nửa chính nửa tà, là người bạn thuở thiếu thời của Nhiếp Phong thì nay y nghiêng hẳn thành kẻ ác, tử địch với Nhiếp Phong.

Cuối phần này, thần thánh như Đế Thích Thiên lại chết về bàn tay thất phu Đoạn Lãng. Long Nguyên mấy phần cũng rơi vào tay hắn, nhờ công lực của rồng Đoạn Lãng trở thành vô địch thiên hạ. Nhưng hắn còn chấp niệm năm xưa bại dưới tay Phong Vân nên bắt giữ cả nhà Nhiếp Phong để uy hiếp, vẫn muốn cùng anh quyết một trận tử chiến. Bộ Kinh Vân cũng có Long Nguyên, còn Nhiếp Phong học được võ công của Thập Cường Võ Giả - một cao thủ không kém gì Đế Thích Thiên. Phong, Vân, Vô Danh ba người luân xa chiến cuối cùng giết được Đoạn Lãng. Nhưng kết cục là Phong Vân hai người bị chôn vùi trong băng tuyết.

Phần ba

20 năm trước, Đệ Nhị Mộng bị Đoạn Lãng bắt giữ lúc đó đang mang thai. Khi Đoạn Lãng và Nhiếp Phong huyết chiến thì Mộng và vợ Đoạn Lãng là Vân Linh cùng sinh con. Lúc đó trên giang hồ kẻ căm hận Đoạn Lãng rất nhiều. Vân Linh sinh đôi, vì muốn giữ lại giọt máu cho họ Đoạn, nàng bí mật giao một đứa cho bá phụ Lam Hiền nhận làm con nuôi, lại thay Mộng chăm sóc con trai của Nhiếp Phong vì sợ Đoạn Lãng "nhổ cỏ tận gốc". Sau này Đoạn Lãng thất thế, Vân Linh bỏ trốn mang theo cả hai đứa bé: con Nhiếp Phong và đứa con còn lại của mình. Vân Linh gặp Đông Doanh đệ nhất đao khách Hoàng Ảnh là bạn của Nhiếp Phong. Sợ con mình bị hại nên nàng đánh tráo hai đứa bé. Hoàng Ảnh bảo vệ con Nhiếp Phong (thực ra là con Đoạn Lãng), còn Vân Linh từ đấy nuôi nấng đứa con thật sự của Nhiếp Phong.

Hoàng Ảnh mang đứa trẻ về Đông Doanh nhằm tránh bọn xấu truy sát. Sau khi nghe tin Nhiếp Phong đã chết, ông nhận đứa nhỏ làm nghĩa tử, đặt tên là Thần Phong (lấy chữ Phong trong chữ Nhiếp Phong, không lấy họ Nhiếp vì sợ bọn người Đông Doanh biết), lại hết lòng truyền dạy đao pháp. 20 năm sau, Thần Phong lên đường về Trung Nguyên tìm lại gốc gác của mình.

Đứa con thật sự của Nhiếp Phong mà Vân Linh nuôi nấng vẫn ở trong nhân gian là Dịch Phong, sau này lại có duyên kết bằng hữu với Thần Phong. Người anh em song sinh có dung mạo giống hệt Thần Phong giờ là môn chủ Bất Diệt Lam Môn tên gọi Lam Vũ. Vũ tính cách bá đạo sau này lại đi theo vết xe đổ của người cha Đoạn Lãng. Dịch Phong là con trai Nhiếp Phong một đời chính trực mà tính cách lại kỳ quái chẳng phải chính cũng chẳng phải tà. Chỉ có Thần Phong là con trai của tên đại ác ma nhưng được danh sư nuôi dạy lại trở thành một trang hiệp nghĩa.

Cốt truyện phát triển nhiều tuyến nhân vật còn bỏ ngỏ như Tiểu Vũ - truyền nhân của Thập Cường Võ Giả cùng kiện vũ khí là Thiên Đạo Chiến Hạp, sự trưởng thành của nhân vật tiểu Kiếm Thánh... Đồng thời phát triển những mạch truyện mới như Dịch Phong và đệ nhất tà đao Đại Tà Vương, hay về Thần Phong và thần công Thiên Cực Khí Hải có xuất xứ từ Đông Doanh...

Đặc biệt trong phần 3 với sự xuất hiện của Đại Đương Gia và Đại Ma Thần, với 2 thần công là Vạn Đạo Sâm La và Hỗn Nguyên Tứ Tuyệt.